Die Primarschule Düdingen wird von Stephanie Tschopp (Kindergarten und Unterstufe, 1. Zyklus) und Eliane Aebischer (Mittel- und Obertstufe, 2. Zyklus) geleitet. Die Schulleitungsaufgaben sind in folgende Tätigkeitsbereiche eingeteilt:
- Schul- und pädagogische Entwicklung
- Organisation
- Administration
- Finanzen
Unterstützt wird die Schulleitung durch die „erweiterte Schulleitung“, bestehend aus den jeweiligen Stufen- und Schulhausleitenden.